تجزیه و تحلیل بیوانفورماتیکی نقش پروتئینها در بیماری کلیوی دیابتی
15 نوامبر 2016- دانشمندان با استفاده از یک چارچوب بیوانفورماتیکی، پروتئین‌هایی کلیدی را شناسایی کردند که بطور قابل توجهی میزان بیان ژن در بافتهای بیوپسی شده از بیماران مبتلا به بیماری کلیوی دیابت را تغییر می‌دهند. نتایج این تحقیق می‌تواند به ابداع درمانهایی جدید برای مقابله با نفروپاتی دیابتی کمک کند.
در مقاله‌ای که اخیراً در مجله‌ی JCI Insightsمنتشر گردید، پرفسورSharmaاز دانشکده‌ی پزشکی دانشگاه کالیفرنیا در سن دیگو، نشان داد تولید پروتئین MDM2در این بیماران به طور مداوم کاهش می یابد و این موضوع نقش مهمی در پیشرفت بیماری کلیوی ناشی از دیابت بازی می کند. محققان از چارچوب بیوانفورماتیکی جدید ""MetBridge Generatorبرای شناسایی آنزیم‌های مرتبط و پروتئین‌های واسط که ارتباط داده‌های متابولومیک انسان را با پاتوفیزیولوژی بیماری کلیوی دیابتی در سطح مولکولی برقرار می کنند، استفاده نمودند.
دکترSharmaنویسنده‌ی اول و مدیر انستیتوی متابولومیک پزشکی و مدیر مرکز Renal Translational Medicineگفت: ژنراتور MetBridgeبه ما اجازه داد که به تجزیه و تحلیل کار آمد، داده‌های متابولولیکی ادرار بیماران مبتلا به بیماری کلیوی بپردازیم، این روش جدید فرصت توسعه ی فرضیه های جدیدی را بر اساس نقش فیزیولوژیکی یا سلولی پروتئین‌های کلیدی به ما داده است.
او افزود: این چارچوب همچنین می‌تواند در تفسیر امضاء متابولومیکی سایر انواع بیماریها قابل استفاده است، به عنوان مثال MDM2همچنین در تنظیم پروتئین 53Pدر تومورها نقش دارد و می تواند به عنوان یک هدفبرای درمان انواع سرطان‌ها استفاده شود.
در مطالعه‌ی پیشین دکتر Sharmaو همکارانش 13 متابولیت را که در بیماران مبتلا به بیماری کلیوی دیابت دچار تغییر می‌شوند، شناسایی نمودند.
ترکیب اطلاعات جدید و داده های موجود در مورد مسیرهای متابولیکی به دانشمندان برای آزمایش این فرضیه که برخی پروتئینها مانند پل ارتباطی عمل می کنند و مسیرهایی که کمتر شناخته شده‌اند را ایجاد می نمایند، کمک کرد. این چارچوب سپس نقشه‌ی متابولیکی و شبکه‌ی ارتباط و تعامل پروتئینها (PPI)را مشخص نمود. این نقشه به محققان اجازه داد تا با نگاه دقیق‌تری به بررسی این پل‌های ارتباطی و تعداد بیشتری تعاملات آنزیمی که در تنظیم 13 متابولیت مشخصه‌ی بیماری کلیوی دیابت نقش دارند، بپردازند. نویسندگان مقاله‌ی اخیر در حال حاضر، اندرکنش های پروتئین- RNAرا شناسایی کرده اند که می توانند به عنوان منابع احتمالی برای مسیرهای کلیدی پیشرفت این بیماری به شبکه‌ی ژنراتور MetBridgeافزوده شوند. پیشرفت در کشف این ارتباطات برای کشف اهداف درمانی جدید برای این بیماری ادامه خواهد داشت.
منبع: www.sciencedaily.com/releases/2016/11/161115155320.htm